Eekhoorns bouwen nesten van 30-50 cm doorsnede. Deze nesten maken ze in boomkronen en worden gemaakt van twijgen, zowel van loof- als naaldhout. Van binnen zijn de nesten bekleed met zacht materiaal zoals bast, gras, mos of wol. Soms gebruiken ze ook boomholten of grote nestkasten als nestplaats. Naast één hoofdnest zijn ook vijf tot zes kleinere 'reservenesten' in gebruik.
Een winterslaap kennen eekhoorns niet, want ze blijven warm in hun nest en leggen voedselvoorraden aan. Wel zijn ze 's-winters minder actief. De voedselvoorraden worden in de zomer en de herfst aangelegd. De plek waar ze hun voorraad hebben verstopt, vergeten ze vaak, maar dankzij hun reukvermogen sporen ze die meestal weer op. Doordat eekhoorns niet alle voorraden terugvinden, dragen ze bij aan de verspreiding van boomzaden in het bos.
